Prvi podaci koji govore da je u Gajdobri postojala škola datiraju još iz prve polovine 18. veka. Školska zgrada u kojoj se i danas izvodi nastava podignuta je 1906. godine.
U periodu između dva svetska rata prvi put se u Gajdobri uvodi obavezno učenje srpskog jezika, pa su u školi radila četiri učitelja srpske nacionalnosti.
Posle oslobođenja, 1945. godine počinje sa radom „Državna narodna škola“. Nastava se izvodila na srpsko-hrvatskom, mađarskom i slovenačkom jeziku. Naseljavanjem kolonista iz Hercegovine, Bosne, Crne Gore i Makedonije, pojavila se potreba za povećanjem kapaciteta škole u Gajdobri koja je godinama radila bez imena. Od 1958/59. godine dobija naziv Osnovna škola „Aleksa Šantić“ Gajdobra, kako se i danas zove. Sa dolaskom kolonista broj učenika se stalno povećavao. Najbrojnija generacija bila je 1960/61. godine, kada je školu pohađalo 912 učenika raspoređenih u 24 odeljenja. Osim redovnih učenika, u školi su postojali i tečajevi za opismenjavanje odraslih i podizanje opšte kulture stanovništva. 1974. godine škole u Gajdobri i Novoj Gajdobri se ujedinjuju u jednu školu pod zajedničkim imenom Osnovna škola „Aleksa Šantić“ Gajdobra-Nova Gajdobra, i tako je sve do danas. Početkom 80-ih godina, u Gajdobri se, pored Bačke Palanke, organizuje nastava u okviru srednjoškolskog opšte-obrazovanog sistema, odnosno deveti i deseti razred. Tada je veliki broj srednjoškolaca iz ostalih mesta iz bačkopalanačke opštine pohađao ovu školu, koja je u tim godinama bila među najbolje i najsavremenije opremljenim školama u opštini. Škola je bila glavni pokretač prosvetnog, kulturnog, sportskog i političkog života sela, koji se odvijao kroz različite sekcije, kurseve i druge aktivnosti.
